سمي نادي الوحدات الأردني بسبب وقوعه في منطقة تحمل ذات الاسم، إذ يقع مخيم الوحدات جنوب شرق الأردن، ونشأ على شكل وحدات سكنية.
والتحق النادي بوزارة الشباب والرياضة الأردنية في العام 1966، وانتظر حتى عام 1980 للحصول على لقب الدوري، الذي أحرزه 16 مرة لاحقة.
ويشارك الوحدات للمرة الأولى في دوري أبطال آسيا، إذ شارك قبل ذلك في الملحق المؤهل إلى دور المجموعات وخسر أمام اتحاد آسيا في 2016.